曹溪原本的章目次第，与正统本几乎完全相同。正统本分全经为九章，曹溪本多一章‘付嘱流通第十’。十章大义，略介如次：

　　“悟法传衣第一”，流通本将此章前半改作‘行由品第一’，后半改作‘般若品第二’。这一章正是大师最初于大梵寺一日所说之完整记录，说明悟入摩诃般若波罗蜜，教人‘但用此心直了成佛’的无上法门，以及祖师自己得法、修学的经过，是乃三转法錀之现身作证转也。这一篇记录非常珍贵难得，读之如见六祖其人，又如亲遇讲席。此章末后有无相颂十五首，成为顿教修学法要之心传，应该记取。

　　“释功德净土第二”，流通本改作‘疑问品第三’，内容特别重要，尤其是对今日佛门四众同修来说。由于我们的社会繁荣，生活水准普遍提高，本省各地大小寺庙林立，无不富丽堂皇，竞相斗胜，自以为功德无比。六祖在这一章开示功德的定义，并且指导我们要舍有为功德，修显自性功德。关于净土的问答，莲池大师解释得很明白：六祖所接引的是上根利智之人，所说的是上上一乘大法，直接教人取寂光实报净土而舍方便同居，真是慈悲至极！此不是破净土法门，千万不可以错会祖意。本经自此章以下，都是众门人总结祖师三十七年教学法语，分类纂辑而成，并非一会所说。

　　“定慧一体第三”，流通本改作‘定慧品第四’。这一章是中国佛教禅宗的心传大本。大师示众说：‘我此法门以定慧为本。’一体正是不二法门，是本性顿教。

　　“教授坐禅第四”，流通本改作‘坐禅品第五’。这一章是宗门修行方法的总纲领，最高的指导原则。不但参禅要明了遵守，就是念佛人也应该记取，才能念到理一心不乱，即是上上禅。一切法门欲入一真法界，无不以此为总纲领。

　　“传香忏悔第五”，流通本改作‘忏悔品第六’。这一章是讲见性成佛，内容有五段：第一段，传授‘戒、定、慧、解脱、解脱知见’五分法身香，次授‘无相忏悔’，灭三世罪，令得三业清净。第二段，教发四弘誓愿。第三段，授无相三皈依戒。第四段，开示一体三身自性佛，令学者悟入。第五段，说无相颂五首，旨在灭除吾人多生多劫所造罪障，罪障消除即是见性成佛。

　　“参请机缘第六”，流通本改作‘机缘品第七’。这一章列举十三位门人请益机缘，来做一个教、学、修行的榜样。正如《华严经》善财参学，又如《楞严经》二十五圆通，皆具足修学的示范作用，正是止于至善的教学，慈悲至极。在这一章中，亦见祖师被机点化、说法利生之大。如法达之于《法华经》，智通之于《楞伽经》，志道、志彻、无尽藏比丘尼之于《大涅槃经》，见祖师指导其大开圆解之妙悟，是依教读诵的模范。又如青原之‘不落阶级’，南岳之‘修证不无，污染不得’，永嘉大师之‘一宿觉’，由此可见祖师指点其悟入不二、亲证无生之善巧，是真修行的典型。我们在这一章看到，古大德无论解门或是行门，莫不皆是以悟入为宗。

　　“南顿北渐第七”，流通本改作‘顿渐品第八’。这一章是对当时禅宗弘扬趋势的记述，是史实。五祖忍大师传出两支，南方是六祖惠能大师，以‘本来无一物’为宗，接上上根人，是名顿教；北方是神秀大师，以‘时时勤拂拭’为宗，接引大乘人，是名渐教。神秀敬佩六祖，也是一位了不起的人，可惜的是，他的门下不服惠能大师传衣得法。秀大师以祖师独得‘无师智’晓谕其徒，亦见其师兄弟本无相忌，各依因缘弘化一方，也是我辈后人应当效法的。

　　“唐朝征诏第八”，流通本改作‘宣诏品第九’，也有改作‘护法品第九’。这一章记载当时朝廷帝王遣使引请供养、请益，师以老疾辞，及其对使者的开示，诚能发人深省。祖师做出一个出家人远离名闻利养、守出家人本分事的好榜样。这一章是史实，也是身教。章题改作‘护法’，别具深意，令人省悟。

　　“法门对示第九”、“付嘱流通第十”，流通本将此两章合并，改为‘付嘱品第十’。这一章是六祖教授其门人说法不失本宗宗旨的典范。以三科对十八界，以十八正除十八邪，三十六对天然佛法。但是大法不可以轻心、慢心求，必要至诚感通，因为此经不属文字，乃是祖意佛心也。‘师于太极元年壬子七月命门人往新州国恩寺建塔’，这一句以下才是‘付嘱流通第十’。这一章是记载祖师付嘱传法的事情，很详细，尤其以‘真假动静偈’八首，说出此宗乃是无诤法门。又为本经立名为《法宝坛经》。最重要的，末后说法指出：‘欲成就种智，须达一相三昧、一行三昧’，此乃一乘佛法修证之指南。大师一生示现，也就是一相、一行的修学榜样。以下说师承，祖祖禀承，道统其来有自，用意很深。祖师最后留别八首偈，曰‘自性真佛偈’，‘后代之人，识此偈意，自见本心，自成佛道。’

　　诸位同修，学佛就是学觉、学悟，觉悟本性。本性之中，妙湛圆寂，圆满具足如来智慧德相。法界原是一真、一相、一行，奈何众生自作聪明，知见立知，不悟实相，染著五欲六尘，起无量迷障，沉沦六道，生死流转，实由于此。佛祖慈悲，西来之旨，教我们顿悟本性，自成佛道。是以迷关未破，万劫苦修也不能超凡，普愿大家有志同学。